Институт создан в 2023 году при непосредственном участии ректора университета В.Н. Ситникова в рамках программы стратегического академического лидерства «Приоритет-2030» и при софинансировании Правительства Ставропольского края.
Разработка и внедрение передовых генетических и селекционных технологий в растениеводстве и животноводстве для укрепления продовольственной безопасности России — в полном соответствии с задачами национального проекта «Технологическое обеспечение продовольственной безопасности».
В структуре института действует мощный НПЦ агробиотехнологий, включающий восемь современных лабораторий, четыре из которых — уникальные для региона.
Благодаря центру в три раза увеличен объём агрохимических обследований земель Ставропольского края, существенно расширен спектр услуг для сельхозтоваропроизводителей.
В 2024 году на базе института открыта новейшая лаборатория молекулярно-генетических исследований и селекции растений — один из самых современных объектов такого профиля в аграрном образовании Юга России.
Для создания и развития института ведущие и молодые учёные СтГАУ прошли стажировки и повышение квалификации в топовых российских центрах:
Институт аграрной генетики и селекции — это место, где фундаментальная наука превращается в реальные технологии для российского АПК.