Институт создан в 2023 году при непосредственном участии ректора университета В.Н. Ситникова в рамках программы стратегического академического лидерства «Приоритет-2030» и при софинансировании Правительства Ставропольского края.
Разработка и внедрение передовых генетических и селекционных технологий в растениеводстве и животноводстве для укрепления продовольственной безопасности России - в полном соответствии с задачами национального проекта «Технологическое обеспечение продовольственной безопасности».
В структуре института действует научно-производственный центр агробиотехнологий, включающий современные лаборатории, часть из которых является уникальной для региона.
Благодаря центру в три раза увеличен объем агрохимических обследований земель Ставропольского края, существенно расширен спектр услуг для сельхозтоваропроизводителей.
В 2024 году на базе института открыта новейшая лаборатория молекулярно-генетических исследований и селекции растений - один из самых современных объектов такого профиля в аграрном образовании Юга России.
Для создания и развития института ведущие и молодые ученые СтГАУ прошли стажировки и повышение квалификации в топовых российских центрах:
Институт аграрной генетики и селекции - это место, где фундаментальная наука превращается в реальные технологии для российского АПК.