В 1999 году в целях совершенствования экономической деятельности вуза в качестве самостоятельного структурного подразделения создан планово-финансовый отдел.
экономическое планирование, направленное на организацию эффективной деятельности аграрного университета;
формирование системы оплаты труда в СтГАУ и её совершенствование;
разработка и ведение штатного расписания вуза;
подготовка текущих, среднесрочных и долгосрочных планов по финансово-хозяйственной деятельности университета;
экономический анализ всех видов деятельности Ставропольского ГАУ;
контроль за выполнением плановых заданий, статистический учёт по показателям работы университета, подготовка периодической отчётности в установленные сроки и систематизация статистических материалов;
участие в методическом руководстве и организации работы по учёту и анализу результатов деятельности;
методическая помощь специалистам подразделений и контроль качества выполнения работ.