В ведении проректора по учебной работе Игоря Юрьевича Склярова находится управление организации образовательного процесса. Данное подразделение вуза осуществляет управление учебно-методической деятельностью в рамках реализации образовательных программ высшего и среднего профессионального образования, а также организацию и контроль образовательного процесса в университете.
Управление организации образовательного процесса было создано в результате реорганизации ряда структурных подразделений университета в 2023 году. Управление стало преемником функций и задач центра управления учебным процессом, расширив их с учетом развития и цифровизации современного высшего образования.
Прародителем управления по праву можно считать учебный отдел Ставропольского сельскохозяйственного института, образованный еще в 1962 году. Первым его руководителем стал кандидат экономических наук, доцент Владимир Викторович Акинин. В 1984 году начальником учебного отдела был назначен старший преподаватель кафедры бухгалтерского учета Альберт Хабирович Ганеев, проработавший в этой должности до 1993 года.
В разные годы учебным отделом руководили С.А. Хлопотова (1993-1999 гг.), М.А. Воронин (1999-2001 гг.), Б.А. Доронин (2001 г.), И.В. Атанов (2001-2003 гг.), В.С. Скрипкин (2003-2015 гг.), В.В. Самойленко (2016 г.), Н.Ю. Хасай (2016-2019 гг.), Е.И. Громов (2019-2022 гг.).
С октября 2022 года руководителем управления организации образовательного процесса является кандидат юридических наук, доцент Нелли Александровна Тунина.
Основной целью работы управления организации образовательного процесса является совершенствование организации и контроля образовательного процесса и учебно-методической работы в университете, обеспечивая качество образования.
В структуру управления включены три функциональных отдела: отдел планирования, организации и контроля учебного процесса, отдел учебно-методической работы и отдел качества образования.