В период оккупации Ставрополя, начавшийся 3 августа 1942 года, здание главного учебного корпуса сильно пострадало от бомбежек города. Были сожжены общежития, разрушены электростанция, баня, прачечная, студенческая столовая, пасека учебно-опытного хозяйства, разграблены овцеводческая и свиноводческая фермы. Из-за несвоевременной эвакуации института было безвозвратно потеряно большое количество учебно-наглядных пособий, книг, инвентарь и аппаратура кафедр.

Тяжелая участь постигла многих студентов и преподавателей вуза, которые показали себя настоящими патриотами, мужественными воинами, самоотверженными тружениками. С 25 октября 1941 года до начала 1942 года коллектив института в полном составе был мобилизован на оборонные работы на ближних подступах к Ставрополю. Затем занятия восстановились, но вуз продолжал оказывать посильную помощь фронту. На протяжении всей войны студенты и сотрудники принимали активное участие в сборе вещей для солдат, в цоколе был организован госпиталь.

— Если посмотреть на главный корпус со стороны внутреннего двора, можно увидеть красные следы вокруг окон. Каждый раз обращаю на них внимание. Это следы огня, которым был охвачен университет в годы Великой Отечественной войны. Их не стирает даже время. И сегодня мы помним и чтим наших предков, которые боролись за справедливость. Спустя десятилетия Россия вновь стоит за правду. И я уверен, подвиги наших предков были совершены не зря, — отметил ректор СтГАУ Владимир Ситников.